フレックスタイム制とは？
1か月以内の一定期間（清算期間）における総労働時間をあらかじめ労使協定等で定めておき、労働者はその枠内で各日の始業及び終業の時刻を自主的に決定し働く制度です。
1日の労働時間帯を、必ず勤務すべき時間帯（コアタイム）と、その時間帯の中であればいつ出社または退社してもよい時間帯（フレキシブルタイム）とに分け、出社、退社の時刻を労働者の決定に委ねます。
尚、コアタイムは必ず設けなければならないものではありませんから、全部をフレキシブルタイムとすることもできます。しかし、これとは逆に、コアタイムがほとんどでフレキシブルタイムが極端に短い場合などには、基本的に始業及び終業の時刻を労働者の決定に委ねたことにはならず、フレックスタイム制とはみなされませんので注意が必要です。
労働時間に過不足が生じた場合について
フレックスタイム制において、実際に労働した時間が清算期間における総労働時間として定められた時間に比べて過不足が生じた場合には、当該清算期間内で労働時間及び賃金を清算することがフレックスタイム制の本来の趣旨ですが、それを次の清算期間に繰り越すことの可否については以下のとおりです。
【清算期間における実際の労働時間に過剰があった場合】
総労働時間として定められた時間分はその期間の賃金支払日に支払いますが、それを超えて働いた時間分を次の清算期間中の総労働時間の一部に充当することは、その清算期間内における労働の対価の一部がその期間の賃金支払日に支払われないこととなり、労働基準法第24条（賃金全額払いの原則）に違反し許されません。したがって、清算期間における実際の労働時間に過剰があった場合、その過剰分はその清算期間内で清算（残業手当の支給）しなければなりません。
【清算期間における実際の労働時間に不足があった場合】
総労働時間として定められた時間分の賃金はその期間の賃金支払日に支払いますが、それに達しない時間分（不足分）を加えた翌月の総労働時間が法定労働時間の総枠の範囲内である限り、不足分を翌月に繰り越して清算する方法と、不足分に相当する賃金をカットして支払う方法があります。
あらかじめ法定労働時間の総枠を超えて労働することを予定するような制度は適当でないので、繰り越された時間を加えた次の清算期間における労働時間が法定労働時間の総枠の範囲内となるように、繰り越し得る時間の限度を定める必要があります。
フレックスタイム制における時間外労働
フレックスタイム制を採用した場合に時間外労働となるのは、清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間です。すなわち、時間外労働であるかどうかは、1日単位では判断せず清算期間を単位としてのみ判断します。したがって、36協定についても、1日について延長することができる時間を協定する必要はなく、清算期間を通算して時間外労働をすることができる時間を協定すれば足ります。
